Coronavirus – “Il genoma è stabile, un elemento buono per i vaccini”
“E’ quanto hanno rilevato i ricercatori della core facility “sequenziamento avanzato (NGS)” del Laboratorio di Virologia dell’Istituto Nazionale per le Malattie Infettive “Lazzaro Spallanzani”
Pur variando lievemente da individuo a individuo come altri virus a Rna, il coronavirus Sars-Cov-2 ha un genoma stabile, il che significa che è più facile sviluppare vaccini efficaci. E’ quanto hanno rilevato i ricercatori della core facility “sequenziamento avanzato (NGS)” del Laboratorio di Virologia dell’Istituto Nazionale per le Malattie Infettive “Lazzaro Spallanzani”, diretto da Maria Rosaria Capobianchi, che hanno utilizzato un nuovo kit della Thermo Fisher per ottenere il sequenziamento completo del genoma del virus.
Un sequenziamento veloce
Il Laboratorio di Virologia, che è stato tra i primissimi centri di ricerca in Europa, e primo in Italia, a generare dati di sequenziamento dell’intero genoma del nuovo coronavirus, si è avvalso di questo nuovo kit, chiamato Ion AmpliSeq SARS-COV-2, per analizzare il virus a partire direttamente dai campioni clinici, grazie ai metodi di ultima generazione resi possibili dai sequenziatori ad alta processività, ed esplorare così la variabilità intrinseca del genoma virale. “La capacità di eseguire rapidamente il sequenziamento di più campioni clinici e di decifrare accuratamente i cambiamenti chiave nel codice genetico del virus è cruciale per conoscere meglio il SARS-CoV-2 e sviluppare strategie per combatterlo” afferma Capobianchi.”Grazie all’elevato potere di risoluzione realizzato con questo tipo di sequenziamento NGS, siamo in grado di analizzare la presenza di varianti anche minoritarie che si generano nel corso della replicazione virale. Questo in genere non è possibile con altri approcci di sequenziamento massivo (es. shotgun), poichè la copertura lungo il genoma non è uniforme ed è richiesta una carica virale molto alta per ottenere un sequenziamento completo ed informativo”.
Oltre a ricostruire per ciascun campione la sequenza completa del genoma virale, usando questo approccio è stato possibile visualizzare in ciascun campione clinico la presenza di genomi che presentavano posizioni variate rispetto al genoma dominante. Questa osservazione ha fornito la prova che il virus si comporta come altri virus a RNA, sviluppando una quasispecie all’interno di ciascun individuo infetto. “I dati suggeriscono che, pur presentando la capacità di variare grazie al suo enzima replicativo che non è perfettamente fedele, in generale il genoma del virus è stabile, il che aumenta la probabilità che i futuri vaccini possano avere un tasso di efficacia più elevato” continua Capobianchi.
Le sequenze del genoma
“Le sequenze ottenute rapidamente e la loro condivisione con la comunità scientifica sono fondamentali per comprendere meglio l’epidemiologia e la diffusione di COVID-19. Questi risultati pongono le basi per lo studio delle quasispecie virali e della plasticità del genoma e forniranno indizi sulla dinamica virale e l’emergenza di varianti che possono avere un impatto patogenetico”, aggiunge l’esperto. La disponibilità tempestiva delle sequenze è cruciale durante gli eventi epidemici: più numerose sono le sequenze complete del virus, meglio si riesce a tracciarne la traiettoria evolutiva del virus, individuare possibili varianti più patogene, monitorare costantemente l’affidabilità dei metodi diagnostici, identificare i target per un potenziale vaccino, e tracciare le catene di trasmissione.
Le possibili mutazioni
Inoltre, una volta stabiliti i farmaci ad azione antivirale diretta, il sequenziamento sarà fondamentale per monitorare la comparsa e la diffusione delle mutazioni di resistenza alle terapie antivirali…”
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Fonte: “Coronavirus: Spallanzani: “Il genoma è stabile, un elemento buono per i vaccini”,” la Repubblica.it
