Genetica – Analisi genocentrica per le malattie mendeliane
Un articolo pubblicato in American Journal of Human Genetics descrive come la ricerca sulle malattie mendeliane si basi sull’osservazione di un’associazione diretta tra alleli varianti che influenzano l’espressione dello stesso gene o 
interferiscono con la funzione biologica del suo prodotto proteico codificato e fenotipi clinici definiti in un campione abbastanza ampio da soddisfare soglie statistiche predefinite. Sebbene un algoritmo preciso per la “causalità mendeliana” si sia dimostrato elusivo, i componenti di questo studio hanno supportato migliaia di associazioni malattia mendeliana-gene che hanno superato la prova del tempo, tramite ripetizione indipendente.
Quanto al presente studio, il sequenziamento clinico dell’esoma (SE) ha portato all’accumulo di dati genetici provenienti da migliaia di campioni di soggetti affetti da un’ampia serie di malattie, ma per i quali l’eziologia genetica e molecolare del fenotipo clinico resta sconosciuta. In molti casi, i fenotipi dettagliati non sono disponibili oppure sono archiviati in maniera inadeguata e sono scarse le informazioni sulla storia familiare che possano orientare lo studio. Per rendere più rapida l’individuazione, gli esperti hanno integrato i dati del SE di 18.696 soggetti riferiti per sospetto di malattia mendeliana, assieme ai loro parenti in un data lake di Apache Hadoop (Hadoop Architecture Lake of Exomes [HARLEE]) e hanno condotto un’analisi genocentrica che ha individuato rapidamente 154 geni che ospitavano varianti sospettate di causare malattie mendeliane.
L’approccio non si basava su una classificazione fenotipica specifica per caso, bensì sull’ottimizzazione dei parametri di filtro a livello di gene e variante, utilizzando i dati storici di identificazione dell’associazione malattia mendeliana-gene. Varianti in 19 dei 154 geni candidati sono state descritte come responsabili di un tratto mendeliano; ulteriori dati supportano l’associazione di tutti gli altri dati candidati con gli endpoint malattia. I campioni sono stati ottenuti grazie a una ricerca di lunga durata e a collaborazioni cliniche. Sono state inoltre condotte analisi del DNA e sequenziamento degli esomi.
Fonte: orphaNews Italia
Tratto da: http://italia.orphanews.org/newsletter-it/political/nl/edizione-del-24-gennaio.html
